Subotić je na početku suđenja negirao krivicu, navodeći da je sve vreme poslovao legalno, da su svi poslovi bili zakoniti.

"U celosti pobijam sve navodne optužnice. Nisam imao nikavu potrebu da osnivam fantomske firme i nije bilo nikakvog osnova da mi se pripisuje ovo što piše u optužnici, rekao je Subotić izlažući prvi put pred sudom svoju odbranu nakon sedam godina od pokretanja krivičnog postupka protiv njega 2006. godine.

Subotić je optužio bivšeg ministra policije Dušana Mihajlovića da ga je ucenjivao.

"Tadašnji ministar unutrašnjih poslova Dušan Mihajlović je 2002. pokrenuo istragu o krijumčarenju cigareta, a istovremeno je dolazio kod mene da me ucenjuje i traži velike pare da se istraga ne povede protiv mene", istakao je Subotić.

Subotić je tvrdio da je Mihajlović "obletao" oko njega i dodao da su svi detalji tih susreta opisani u krivičnoj prijavi koju je ranije podneo protiv bivšeg ministra.

"Mihajlović muca, niste mogli da razumete šta priča osim kada traži pare. U zavisnosti kako je bio raspoložen tražio je 200.000, 500.000 pa do 20 miliona evra", ispričao je Subotić.

Prema njegovim rečima, Mihajlović mu je rekao da, iako su zemljaci, on ne može da mu sam reši taj problem, ali da će, ako da novac, moći da pokuša da preusmeri istragu i da lobira da stekne pozitivnu reputaciju u Srbiji.

On je naveo da su do 2006. i drugi razni političari dolazili kod njega i pričali kako će rešiti istragu ali uz koncesije - pare ili drugu kompenzaciju. .

"Ja sam sve to pravosuđu Srbije pokušavao da pošaljem preko medija svih ovih godina ali to nije urodilo plodom", naveo je Subotić.

Subotić je ispričao da su u više navrata na njega vršili pritisak Boris Tadić i njegovi najbliži saradnici koji su, kako je tvrdio, dolazili kod njega. U tom kontekstu spomenuo je Mikija Rakića i Vuka Jeremića.

Subotiću se do sada sudilo u odsustvu jer je do jula ove godine bio nedostupan pravosudnim organima Srbije kada mu je odlukom suda ukinuta poternica a pritvor zamenjen jemstvom.

Sedam godina je bio u bekstvu, od pokretanja istrage za šverc cigareta u Srbiji 2006. On je 19. jula položio jemstvo od 538.000 evra, odnosno upisao je hipoteku na kuću u korist suda.

Subotiću je inače 17. juna počelo ponovljeno sudjenje, a posle izmene Krivičnog zakona od 15. aprila, preciziranom optužnicom tereti za krivično delo zloupotreba položaja odgovornog lica za koje je zaprećena kazna do 10 godina zatvora, a ne više za zloupotrebu službenog položaja za koju mu je pretila kazna do 12 godina zatvora.

Apelacioni sud u Beogradu zimus je ukinuo prvostepenu presudu kojom je Subotić u odsustvu bio osudjen na šest godina zatvora zbog krivičnog dela zloupotreba službenog položaja, a optuženi kao pripadnici njegove grupe na zatvorske kazne od četiri i po godine do deset meseci zbog švecra cigareta tokom devedesetih godina.

Ukinutom presudom Specijalnog suda od 6. oktobra 2011. Subotić je, pored zatvorske kazne, obavezan da u roku od 15 dana od pravosnanosti presude u budet Srbije uplati 75.821.404 dinara sa kamatama koje se racunaju od 1. novembra 1996. godine.

Odlukama Specijalnog suda, privremeno su Suboticu oduzete nekretnine i lokali u Srbiji i Crnoj, ali te odluke ostaju na snazi do pravosnažnog okončanja postupka.

Subotić se tereti da je bio na čelu grupe koja je švercovala cigarete tokom 1995. i 1996. godine iz Makedonije u Srbiju i prodavala ih pravnim i fizickim licima.
Tako je na štetu budžeta grupa stekla korist od 28 miliona evra i šest miliona američkih dolara.

To su radili uz pomoć službenika Savezne uprave carina koji su omogucili ulazak teretnih kamiona sa cigaretama bez ikakvog evidentiranja. Potom su cigarete prevozili i skladitili ih u vie magacina po Srbiji, a zatim ih preprodavali.

Subotić je i pored višegodišnje poternice na snazi slobodno živeo i radio u Švajcerskoj, a 2008. Moskva je odbila da ga izruči Srbiji, jer ruski zakon nije priznavao krivično delo da koje se Subotić teretio pre prekvalifikacije dela, odnosno izmene optužnice.